Aminosyror bygger upp proteiner
Aminosyrans generella struktur: 
Kan också skrivas: H2N-CH(R)-COOH.
- R = H, kolväte eller mer komplicerad grupp.
- R kallas sidokedja.
Rent teoretiskt: Oändligt antal aminosyror, tack vare R-gruppen.
- Rent faktiskt: Endast 20 aminosyror som används i alla levande organismer på jorden.
Spegelbildsisomeri
Alla aminosyror utom glycin, H2N-CH2-COOH, kan förekomma i två spegelbildsisomerer:
Nedan visas L- och D-alanin, som är de två isomererna av alanin.
L- och D-alanin är spegelbilder av varandra.
I alla proteiner är det endast den så kallade L-varianten som används.
Aminosyror är amfolyter
Både syra och bas samtidigt!
- Syra = protongivare
- Bas = protontagare
Vid en aminosyras autoprotolys bildas en zwitterjon (amfojon).
Vad händer om man har aminosyran i en sur lösning (lågt pH, hög [H3O+])?
En aminosyra som befinner sig i en sur lösning blir positivt laddad.
Vad händer om man har aminosyran i en basisk lösning (högt pH, hög [OH–])?
I en basisk lösning får aminosyran negativ laddning.
Aminosyrornas isoelektriska punkt
Aminosyrans laddning påverkas av pH.
Vid ett visst pH är nettoladdningen 0.
- Detta pH kallas den isoelektriska punkten (Ip).
En aminosyras isoelektriska punkt påverkas av sidokedjan.
De flesta aminosyror har en Ip nära pH = 6.
- Aminosyror med sura sidokedjor har Ip < 6.
- Aminosyror med basiska sidokedjor har Ip > 6.
- Aminosyror med neutrala sidokedjor har Ip ≈ 6.
Asparaginsyrans Ip = 3,0, vilket förklaras av den sura sidokedjan.
Den isoelektriska punkten för lysin är 9,1, vilket förklaras av den basiska amingruppen i sidokedjan.
Alaninets isoelektriska punkt är 6,00, vilket förklaras av att sidokedjan är helt neutral.
Di-, tri-, oligo- och polypeptider
Dipeptider bildas genom att två aminosyror kondenseras:
När två aminosyror kondenseras bildas en dipeptid. De två aminosyraresterna sitter ihop med en peptidbindning.
Dipeptid: Två aminosyror sammanlänkade.
Tripeptid: Tre aminosyror sammanlänkade.
Oligopeptid: Ett "fåtal" aminosyror sammanlänkade.
Polypeptid: "Många" aminosyror sammanlänkade – med andra ord, ett protein.
N- och C-terminal
Ena änden på en peptid slutar alltid i en amingrupp (N-terminal), och andra änden i slutar alltid i en karboxylgrupp (C-terminal).
I dipeptiden Val-Ala sitter valin vid N-terminalen och alanin vid C-terminalen.
Observera två saker:
- Protein tillverkas alltid från N-terminal → C-terminal.
- "Val-Ala" är inte samma sak som "Ala-Val": Peptider skrivs också alltid i ordningen N-terminal → C-terminal.
